一般情況下，環(huán)境管理體系認(rèn)證審核分兩個(gè)階段進(jìn)行，只有特小型組織，可不進(jìn)行第一階段審核而直接進(jìn)行第二階段審核，在這里我們只對(duì)一般情況進(jìn)行探討。

　　第一階段的審核組長(zhǎng)應(yīng)首先對(duì)組織的一半管理體系文件進(jìn)行審核，審查的內(nèi)容包括手冊(cè)、程序文件，以確定組織是否具備了接受審核的條件。

　　第一階段審核主要有三個(gè)目的：
　　1、確定第二階段審核的可行性和條件；
　　2、確定第二階段審核的重點(diǎn)和方法；
　　3、確認(rèn)審核范圍；
　　4、確定第二階段的審核時(shí)間。

　　第二階段審核主要目的：
　　1、驗(yàn)證組織是否已實(shí)施了其環(huán)境方針、目標(biāo)、指標(biāo)并遵守了相應(yīng)的程序；
　　2、組織的EMS是否符合標(biāo)準(zhǔn)要求，并能夠?qū)崿F(xiàn)組織的環(huán)境方針和目標(biāo)。

　　第一階段審核的內(nèi)容：
　　1、了解組織的基本情況，如組織機(jī)構(gòu)、產(chǎn)品、活動(dòng)和服務(wù)的特點(diǎn)，過(guò)程及方式，現(xiàn)場(chǎng)分布情況，重要環(huán)境崗位情況；
　　2、 結(jié)合現(xiàn)場(chǎng)情況對(duì)有關(guān)體系文件進(jìn)行補(bǔ)充審核；
　　3、 通過(guò)收集有關(guān)環(huán)境方針、目標(biāo)、指標(biāo)、管理方案及環(huán)境因素、相關(guān)的法律法規(guī)的情況，判斷其體系策劃的合理性；
　　4、 收集并評(píng)審組織的內(nèi)審信息，確認(rèn)組織內(nèi)審的可信度；
　　5、 對(duì)組織別及評(píng)價(jià)環(huán)境因素程序進(jìn)行評(píng)價(jià)；
　　6、 對(duì)組織收集的法律法規(guī)的情況進(jìn)行評(píng)價(jià)；
　　7、 冥管理評(píng)審記錄，證實(shí)管理評(píng)審已完成；
　　8、 組織對(duì)盯關(guān)方建立了聯(lián)絡(luò)渠道及形成文件；
　　9、 了解法規(guī)的遵守情況（是否在近期受到過(guò)行政處罰）。
　　第一階段的審核重點(diǎn)在于組織環(huán)境管理體系策劃的合理性和有效性以及自我完善和保障機(jī)制是否已經(jīng)建立。

　　第二階段審核的內(nèi)容：第二階段審核作為認(rèn)證審核的重點(diǎn)，要對(duì)全部要素進(jìn)行充分性、有效性和適宜性的全面審核。
　　1、各級(jí)管理者（包括重要環(huán)境崗位）在環(huán)境管理體系中的職責(zé)是否已落實(shí)，并具備履行職責(zé)的能力；
　　2、環(huán)境因素識(shí)別、評(píng)價(jià)、更新程序是否已實(shí)施，是否有重要環(huán)境因素遺漏；
　　3、目標(biāo)、指標(biāo)、方案的實(shí)施情況；
　　4、多個(gè)管理程序?qū)嵤┣闆r；
　　5、多項(xiàng)運(yùn)行程序的實(shí)施及重要環(huán)境因素的控制；
　　6、監(jiān)測(cè)及內(nèi)審程序的實(shí)施情況、管理評(píng)審的有效性；
　　7、實(shí)施EMS的環(huán)境績(jī)效。

　　 兩個(gè)階段審核作為一個(gè)完整的認(rèn)證審核，應(yīng)確保覆蓋組織所有的部門(mén)、場(chǎng)所和環(huán)境管理活動(dòng)，第一階段應(yīng)覆蓋組織的主職部門(mén)和主要經(jīng)營(yíng)場(chǎng)所或現(xiàn)場(chǎng)，第二階段審核應(yīng)覆蓋組織所有的部門(mén)和經(jīng)營(yíng)場(chǎng)所，對(duì)于多現(xiàn)場(chǎng)情況，可以在同樣條件下，進(jìn)行抽樣，但對(duì)生產(chǎn)不同產(chǎn)品或處于不同階段的現(xiàn)場(chǎng)，不能抽樣。

　　第一階段審核應(yīng)出具現(xiàn)場(chǎng)審核報(bào)告，但不作現(xiàn)場(chǎng)結(jié)論，報(bào)千內(nèi)容應(yīng)包括：
　　1、 文件的合理性；
　　2、 法規(guī)的遵守情況；
　　3、 環(huán)境因素褒別和評(píng)價(jià)情況；
　　4、 內(nèi)審的可信程度；
　　5、 管理評(píng)審的效果；
　　6、 組織的主要現(xiàn)場(chǎng)；
　　7、 第二階段審核時(shí)注意的主要問(wèn)題；
　　8、 第二階段審核的時(shí)間建議等。
　　現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)的問(wèn)題以《不符合事實(shí)匯總表》形式交組織進(jìn)行整改。

　　第二階段審核應(yīng)出具審核報(bào)告，報(bào)告應(yīng)對(duì)組織環(huán)境管理體系的符合性、有效性、充分性做出評(píng)價(jià)，并宣布現(xiàn)場(chǎng)審核推薦結(jié)論，審核結(jié)論由審核組討論由審核組討論后，由組長(zhǎng)做出，現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)的問(wèn)題以不符合報(bào)告形式提出，要求組織整改，由組長(zhǎng)確認(rèn)后，交中心。