一般情況下，環(huán)境管理體系認證審核分兩個階段進行，只有特小型組織，可不進行第一階段審核而直接進行第二階段審核，在這里我們只對一般情況進行探討。

　　第一階段的審核組長應(yīng)首先對組織的一半管理體系文件進行審核，審查的內(nèi)容包括手冊、程序文件，以確定組織是否具備了接受審核的條件。

　　第一階段審核主要有三個目的：
　　1、確定第二階段審核的可行性和條件；
　　2、確定第二階段審核的重點和方法；
　　3、確認審核范圍；
　　4、確定第二階段的審核時間。

　　第二階段審核主要目的：
　　1、驗證組織是否已實施了其環(huán)境方針、目標(biāo)、指標(biāo)并遵守了相應(yīng)的程序；
　　2、組織的EMS是否符合標(biāo)準要求，并能夠?qū)崿F(xiàn)組織的環(huán)境方針和目標(biāo)。

　　第一階段審核的內(nèi)容：
　　1、了解組織的基本情況，如組織機構(gòu)、產(chǎn)品、活動和服務(wù)的特點，過程及方式，現(xiàn)場分布情況，重要環(huán)境崗位情況；
　　2、 結(jié)合現(xiàn)場情況對有關(guān)體系文件進行補充審核；
　　3、 通過收集有關(guān)環(huán)境方針、目標(biāo)、指標(biāo)、管理方案及環(huán)境因素、相關(guān)的法律法規(guī)的情況，判斷其體系策劃的合理性；
　　4、 收集并評審組織的內(nèi)審信息，確認組織內(nèi)審的可信度；
　　5、 對組織別及評價環(huán)境因素程序進行評價；
　　6、 對組織收集的法律法規(guī)的情況進行評價；
　　7、 冥管理評審記錄，證實管理評審已完成；
　　8、 組織對盯關(guān)方建立了聯(lián)絡(luò)渠道及形成文件；
　　9、 了解法規(guī)的遵守情況（是否在近期受到過行政處罰）。
　　第一階段的審核重點在于組織環(huán)境管理體系策劃的合理性和有效性以及自我完善和保障機制是否已經(jīng)建立。

　　第二階段審核的內(nèi)容：第二階段審核作為認證審核的重點，要對全部要素進行充分性、有效性和適宜性的全面審核。
　　1、各級管理者（包括重要環(huán)境崗位）在環(huán)境管理體系中的職責(zé)是否已落實，并具備履行職責(zé)的能力；
　　2、環(huán)境因素識別、評價、更新程序是否已實施，是否有重要環(huán)境因素遺漏；
　　3、目標(biāo)、指標(biāo)、方案的實施情況；
　　4、多個管理程序?qū)嵤┣闆r；
　　5、多項運行程序的實施及重要環(huán)境因素的控制；
　　6、監(jiān)測及內(nèi)審程序的實施情況、管理評審的有效性；
　　7、實施EMS的環(huán)境績效。

　　 兩個階段審核作為一個完整的認證審核，應(yīng)確保覆蓋組織所有的部門、場所和環(huán)境管理活動，第一階段應(yīng)覆蓋組織的主職部門和主要經(jīng)營場所或現(xiàn)場，第二階段審核應(yīng)覆蓋組織所有的部門和經(jīng)營場所，對于多現(xiàn)場情況，可以在同樣條件下，進行抽樣，但對生產(chǎn)不同產(chǎn)品或處于不同階段的現(xiàn)場，不能抽樣。

　　第一階段審核應(yīng)出具現(xiàn)場審核報告，但不作現(xiàn)場結(jié)論，報千內(nèi)容應(yīng)包括：
　　1、 文件的合理性；
　　2、 法規(guī)的遵守情況；
　　3、 環(huán)境因素褒別和評價情況；
　　4、 內(nèi)審的可信程度；
　　5、 管理評審的效果；
　　6、 組織的主要現(xiàn)場；
　　7、 第二階段審核時注意的主要問題；
　　8、 第二階段審核的時間建議等。
　　現(xiàn)場發(fā)現(xiàn)的問題以《不符合事實匯總表》形式交組織進行整改。

　　第二階段審核應(yīng)出具審核報告，報告應(yīng)對組織環(huán)境管理體系的符合性、有效性、充分性做出評價，并宣布現(xiàn)場審核推薦結(jié)論，審核結(jié)論由審核組討論由審核組討論后，由組長做出，現(xiàn)場發(fā)現(xiàn)的問題以不符合報告形式提出，要求組織整改，由組長確認后，交中心。